1606'da imzalanan Jitva Antlaşması ile Estergon tekrar Osmanlı İmparatorluğu toprakları arasında, Budin beylerbeyliğine bağlı bir sancak olarak teşkilatlandırılmıştır.
1663 yılında Fazıl Ahmed Paşa'nın Uyvar seferinde, Estergon ve çevresi yeniden savaş alanı oldu. Fazıl Ahmed Paşa Estergon'a gelerek burada son hazırlıklarını tamamladı. 1000 parça gemi ile getirilen zahireyi askere dağıttı ve karşı yakaya Ciğerdelen'e atılan köprüyü Kadızade İbrahim Paşa'ya tamamlattırarak Uyvar'a doğru yola çıktı. Ertesi yıl sadrazamın Raab bölgesinde bulunmasından faydalanan Avusturyalılar, Litra Kalesi'ni işgal ettikten sonra oradan hareket ederek Ciğerdelen'i yakmışlar ve Estergon Kalesi'ni de on gün top ateşi altında tutmuşlardı. Fazıl Ahmed Paşa Budin'e giderken Estergon önüne gelmiş ve düşmanın yaptığı tahribatı onarmak zorunda kalmıştır. 1683 yılında ise, Charles de Lorraine komutasındaki Avusturya ve müttefik orduları, çekilmekte olan Kara Mustafa Paşa'yı izlemeye başlamışlardı. Ancak, kış yaklaşmakta olduğundan Estergon üzerine yönelmişlerdi. Estergon'un yardımına gelen Budin Beylerbeyi Kara Mehmed Paşa'nın Ciğerdelen'de yenilgiye uğraması Estergon'un akibetini tayin etmişti. Kara Mehmed Paşa, bir kısım birliklerini Estergon'da bırakarak Tuna üzerindeki köprüyü de attıktan sonra Budin'e çekilmişti. Ancak, Estergon Kalesi'ne kapanan Osmanlı askerinin morali de gerek Viyana gerek Ciğerdelen bozgunları yüzünden tamamen çökmüştü. Düşman, tahrip edilen köprüyü onarmış ve Estergon yakasına geçmişti. Bu sırada Osmanlılar tarafından hiçbir müdahalede bulunulmamıştı.