Estergon'un yeniden Osmanlı hakimiyetine girmesi, Lala Mehmed Paşa'nın sadrazamlığı devresine rastlar. 1604 yılında Lala Mehmed Paşa ilk defa sadrazam olarak Budin'e geldiğinde Vac, Peşte ve en son Estergon Kalesi'ni kuşatmışsa da, Yeniçeri Ağası Nakkaş Hasan Paşa'nın idaresizliği yüzünden bir sonuç alınamamıştı. Sadrazam, ertesi yıl Ösek'de topladığı divanda seferin amacını tayin ettikten sonra, Bosna Beylerbeyi'nin Budin'den getirdiği malzemeyi askere dağıtmış ve 30 Ağustos günü ordu-yı hümayunla Estergon önüne varmıştı. Lala Mehmed Paşa, önce Ciğerdelen ve Tepedelen istihkamlarını kuşatmış ve Vişegrad'ın düşmesi üzerine Bosna Beylerbeyi Hüsrev, Budin Beylerbeyi Mustafa paşaları, bu iki istihkamı fethe memur etmişti. Üç hücumdan sonra bu istihkamlar düşünce Mehmed Paşa, bu defa kalenin su kulesi üzerine yönelmişti. Altı günlük bir kuşatmadan sonra girişilen taarruz beklenen sonucu vermiş ve Estergon'u savunanlar teslim olmak zorunda kalmışlardır. Estergon'u teslim almak yine Peçevi İbrahim Efendi'ye nasip olmuş, kale muhafızlarından bir kısmı burasını terkederken Fransızlar, Osmanlı hizmetine girerek burada kalmışlardı.