Basilika Sarnıcı kurulduğundan günümüze kadar çeşitli onarımlardan geçmiştir. Osmanlı imparatorluğu döneminde iki defa restore edilen sarnıcın ilk onarımı 18. yy.’da III. Ahmet zamanında (M 1723) Mimar Kayserili Mehmet Ağa tarafından yaptırılmıştır.