Camiden önce yanında inşa edilen Eyüp Sultan Hazretleri’nin Türbesi, bu caminin önemini vurguluyor. Yapıldıktan sonra birçok kez tamir gören caminin minarelerinin boyunun kısa olması nedeniyle 1733’de yeni uzun minareler yapıldı. 1823’de deniz tarafındaki minare yıldırım düşmesi sonucu hasar gördüğü için yeniden inşa edildi.